In questo sito paleolitico gia’ nell’eta’ del Bronzo fu costruita la piazzaforte di Urartu’ (urartese), anche per le caratteristiche naturali del luogo. Era uno dei piu’ importanti avanposti militari del regno armeno. La fortezza di Amberd fu soprattutto famosa nell’epoca romana e cristiana, quando il castello attuale fu cosruito, allargato e ricostruito in epoche successive.
Amberd divenne il sede dei Pahlavuni quando Vahram Pahlavuni, nel 1026, costrui’ la chiesa (come testimonia l’iscrizione custodita sull’entrata nord). Vahram fortifico’ il complesso con spesse mura e aggiunse tre torri dal lato della gola del fiume Arqashen. Negli anni 1070 i selgiuchidi conquistarono Amberd e la trasformarono in una base militare.
Alcune fonti affermano che la fortezza ed alcuni tratti delle mura furono costruiti nel 7˚ secolo, quando Amberd era la sede estiva dei re.
La grande fortezza fu abbandonata e perse definitivamente la sua importanza alla fine del 14˚ secolo (l’era di Tamerlano) fino ai primi scavi del 20˚ secolo che si realizzarono nell’area della fortezza. Negli anni 70 furono effettuati lavori di restauro principalmente a favore della chiesa. Dal 2004 cominciarono lavori di restauro e di consolidamento.